孔子杀少正卯的记载，最早见于《荀子。宥坐》，其文云：孔子为鲁摄相，朝七日而诛少正卯。门人进问曰：夫少正卯，鲁之闻人也，夫子为政而始诛之，得无失乎？孔子曰：居，吾语汝其故。人有恶者五，而盗窃不与焉。一曰心达而险，二曰行辟而坚，三曰言伪而辩，四曰记丑而博，五曰顺非而泽，此五者，有一于人，则不得免于君子之诛，而少正卯兼有之。故居处足以聚徒成群。言谈足以饰邪营众，强足以反是独立，此小人之桀雄也，不可不诛也。
《荀子》的记载可谓有声有色，颇为生动，且是关于此事最早的材料，故司马迁作《史记。孔子世家》便沿用此说，只是时间说得更为具体：定公十四年，孔子年五十六，由大司寇行摄相事，……于是诛鲁大夫乱政者少正卯。荀子与司马迁的说法，似乎言之凿凿，故而有一定的影响，至今一些有关孔子的著作仍采此说。但是对此有疑问者，也不为少，归纳起来，无非是这样几个方面：其一，怀疑论者认为孔子是主张“仁”的，“樊迟问仁。子曰：”一爱一人。‘“
（《论语。颜渊》）因此“季康子问政于孔子曰：”如杀无道，以就有道，何如？‘孔子对曰：“子为政，焉用杀？’”（《论语。颜渊》）可见孔子是反对为政杀人的，怎么会掌权仅7天就开杀戒呢？
其二，怀疑论者认为如果孔子真的杀了少正卯，这无论如何都是孔子一生中的一件大事情，但是为什么“少正卯之事，《论语》所不载，子思孟子所不言”呢？人们知道，《论语》是孔子门人及其再传弟子集成的一部专门辑录孔子及门人言行的书，对孔子的这件大事为什么只字不提？而子思是孔子之孙，孟子又是受业于子思的弟子，他们距孔子自然比荀子近，但是他们的著作《中庸》、《孟子》却都没有涉及此事，反而是距孔子少说也有250年的荀子首次披露了孔子诛少正卯的整个事件，荀子的根据又是什么？
其三，怀疑论者认为，据记载，鲁定公十年（前500年），齐侯与鲁侯会于夹谷（今山东莱芜县境），当使上卿相礼，其时孔子正作司寇，鲁公因其知礼，故使他越次而使之，“谓之摄相”，这里的“相”，“即傧相之相”。《周礼》所谓接宾曰傧，诏礼曰相者，凡盟会坛站，必有一诏礼之官，而孔子为之“。（清。一毛一奇龄《经问》）因为战国以前无”宰相“、”相国“之称，故这里的”相“，绝非今言宰相之”相“。清。江永《乡一党一图考》也云：”摄相乃是相礼“，而”相礼者，但襄一时之礼，与国政无涉也。……《史记》误以相为相国之相“。（清。崔述《洙泗考信录》卷二）既然孔子仅仅是曾经做过两国交往的礼相，而他的职位虽为司寇，却在季孙氏诸人之下，根本没有诛杀大夫之权，怎么可能杀掉”鲁之闻人“少正卯呢？
其四，怀疑论者认为《史记》的记载存在着矛盾：《史记。卫康叔世家》记卫灵公“三十八年，孔子来，禄如鲁”，可见此时孔子已去鲁至卫，但俸禄却同在鲁时一样。卫灵公三十八年就是鲁定公十三年（前497年），定公十三年孔子已经离开了鲁国。怎么会在第二年又去诛杀乱政的少正卯呢？此四疑，给肯定论者出了难题，但怀疑论者往往感到缺乏过硬的文献资料作为佐证，故仅仅是提出疑问或推测，也自有不能服人处。
孔子是否杀了少正卯？这不是一个毫无意义的问题，后来的许多学者往往因为对这件事的不同看法而影响到对孔子其人及其思想的评价。
（管士光）