【题解】阴阳，指自然界的阴阳，人身上下所分的阴阳和经脉的阴阳。篇中将自然界的阴阳、人身的阴阳与日月相联系，以说明人体同自然界的关系，并据此提出针刺方面的注意事项，所以称为"阴阳系日月"。
【原文】黄帝日余闻天为阳，地为阴，日为阳，月为阴，其合之于人，奈何?岐伯日腰以上为天，腰以下为地，故天为阳，地为阴，故足之十二经脉，以应十二月，月生于水口]，故在下者为阴；手之十指，以应十日，日主火，故在上者为阳。
黄帝日合之于脉，奈何?岐伯日寅者，正月之生阳也，主左足之少阳；未者，六月，主右足之少阳。卯者，二月，主左足之太阳；午者，五月，主右足之太阳。辰者，三月，主左足之阳明巳者，四月，主右足之阳明。此两阳合于前，故明。申者，七月之生阴也，主右足之少阴丑者，十二月，主左足之少阴；酉者，八月，主右足之太阴子者，十一月，主左足之太阴；戌者，九月，主右足之厥阴；亥者，十月，主左足之厥阴；此两阴交尽，故日厥阴。
甲主左手之少阳；己主右手之少阳；乙主左手之太阳，戊主右手之太阳；丙主左手之阳明，丁主右手之阳明，此两火并合，故为阳明。庚主右手之少阴，癸主左手之少阴，辛主右手之太阴，壬主左手之太阴。
故足之阳者，阴中之少阳也；足之阴者，阴中之太阴也。手之阳者，阳中之太阳也；手之阴者，阳中之少阴也。腰以上者为阳，腰以下者为阴。其于五脏也，心为阳中之太阳，肺为阴中之少阴，肝为阴中少阳，脾为阴中之至阴，肾为阴中之太阴。
【提要】以天人相应的观点，论述了人体的上部和下部，左右手足之经与日、月、天干、地支相对应的阴阳属性及相互关系。
【注释】[1]月生于水张介宾"月为阴精，故月生于水"。故此句是说明月为阴的属性。
【白话解】黄帝问我听说天为阳，地为阴，日为阳，月为阴，它们与人体是怎样配合的呢?岐伯答道在人体，腰以上像天一样属阳，腰以下象地一样属阴。下肢的十二条经脉，同一年中的十二个月相对应，月是禀受水性而产生的，所以与十二个月相对应的下肢经脉属阴。在上肢，手有十指，同一句中的十日相对应，日是禀受火性而产生的，所以与十日相对应的上肢经脉属阳。
黄帝问十二个月和十口怎样同经脉相配合呢?岐伯答道以十二地支纪十二月，与下肢十二条经脉的关系是十二地支的寅纪正月，此时阳气初生，主身体左侧下肢的足少阳胆经；未纪六月，主身体右侧下肢的足少阳胆经。卯纪二月，主身体左侧下肢的足太阳膀胱经；午纪五月，主身体右侧下肢的足太阳膀胱经。辰纪三月，主身体左侧下肢的足阳明胃经；巳纪四月，主身体右侧下肢的足阳明胃经。正如前面所讲的那样，阳明处于太阳与少阳之间，两阳合明，所以称为阳明。申纪七月，此时阴气初生，主身体右侧下肢的足少阴肾经。丑纪十二月，主身体左侧下肢的足少阴肾经。酉纪八月，主身体右侧下肢的足太阴脾经；子纪十一月，主身体左侧下肢的足太阴脾经。戍纪九月，主身体右侧下肢的足厥阴肝经。亥纪十月，主身体左侧下肢的足厥阴肝经，厥阴处于少阴与太阴之间，足少阴经同足太阴经的经气交会，必须经过足厥阴经，所以称为厥阴。
以十天干纪一旬的十日，同上肢十条经脉的关系是甲日主身体左侧上肢的手少阳三焦经。己日主身体右侧上肢的手少阳三焦经。乙日主身体左侧上肢的手太阳小肠经。戊日主身体右侧上肢的手太阳小肠经。丙日主身体左侧上肢的手阳明大肠经。丁日主身体右侧上肢的手阳明大肠经。在五行归类中丙、丁都属火，两火合并，所以称为阳明。庚日主身体右侧上肢的手少阴心经。癸日主身体左侧上肢的手少阴心经。辛日主身体右侧上肢的手太阴肺经。壬日主身体左侧上肢的手太阴肺经。
因为腰以上为阳，腰以下为阴，所以位于下肢的足三阳经，为阴中的少阳，阳气微弱。位于下肢的足三阴经，是阴中的太阴，阴气最盛。位于上肢的阳经，是阳中的太阳，阳气最盛。位于上肢的阴经，是阳中的少阴，阴气微弱。
运用这个规律来说明五脏的阴阳属性心位于膈上属火，为阳中之太阳，肺居于膈上而属金，为阳中之少阴，肝位于膈下属木，为阴中之少阳，脾位于膈下属土，阴中之至阴，肾位于膈下而属水，为阴中之太阴。
【按语】本段所述十二月与足之十二经相合的关系，是有一定规律可遵循的。这种以季节时令和逐月按日来阐述人体气血盛衰变化的内容，提醒医者在针刺时，要注意这一生理活动特点。
【原文】黄帝日以治之奈何?岐伯日正月二月三月，人气在左，无刺左足之阳四月五月六月，人气在右，无刺右足之阳，七月八月九月，人气在右，无刺右足之阴，十月十一月十二月，人气在左，无刺左足之阴。
黄帝日五行以东方为甲乙木王[1]春。春者，苍色，主肝，肝者，足厥阴也。今乃以甲为左手之少阳，不合于数，何也?岐伯日此天地之阴阳也，非四时五行之以次行也。且夫阴阳者，有名而无形，故数之可十，离之可百，散之可千，推之可万，此之谓也。
【提要】指出针刺的禁忌，即在十二个月中，都不宜针刺与它相配合的经脉。
【注释】[1]王，音义皆同旺。
【白话解】黄帝问怎样把经脉与十二个月的阴阳相配规律运用到治疗之中呢?岐伯答道在一年十二个月中，正月、二月和三月，人体的阳气分别偏重于身体左侧下肢的足少阳胆经、足太阳膀胱经和足阳明胃经，所以不宜针刺这些经脉。四月、五月和六月，人体的阳气分别偏重于身体右侧下肢的足阳明胃经，足太阳膀胱经，足少阳胆经，所以不宜针刺这些经脉。七月、八月和九月，人体的阴气分别偏重于身体右侧下肢的足少阴肾经、足太阴脾经和足厥阴肝经，所以不宜针刺这些经脉。十月、十一月和十二月，人体的阴气分别偏重于身体左侧下肢的足厥阴肝经、足太阴脾经和足少阴肾经，所以不宜针刺这些经脉。
黄帝问在五行归类中，方位的东方和天干中的甲、乙都属木，木气旺于春季，在五色中主青色，在五脏中主肝脏，隶属肝的经脉是足厥阴肝经，现在却把甲配属身体左侧上肢的手少阳三焦经，不符合天干配属五行的规律，这是为什么呢?岐伯答道这里所讲的，是根据自然界阴阳变化的规律来配合天干地支的，用来说明十二经脉的阴阳属性，不是按照四季的次序和五行属性来配合天干地支的。此外，阴阳是一个抽象概念，而不是一种具体事物，所以它的运用非常广泛，同一个阴阳可以指一种事物，也可以扩展到十种、百种、千种、万种乃至无数的事物。出现上述情况，就是因为这个道理。
【按语】本段提醒人们在针刺治疗时，既要考虑具体的病证，又要因时制宜，注意在不同的时间内人体经脉气血衰旺的情况。后世的子午流注针法即反映了这一观点。