阴阳，本篇系指脉象而言。别，另外、特殊的意思。由于本篇所论脉之阴阳，侧重于其在三阴三阳经病证诊断方面的意义，与他篇所说的阴阳含义有所不同，故名《阴阳别论》。正如明·吴昆《素问吴注》云：“此篇言阴阳与常论不同，自是一家议论，故曰别论。”
⑴脉象与四时的相应关系及其分类、主病和预后。
⑵各经的部分病变、证候、传变及其预后。
黄帝问曰：人有四经，十二从，何谓？岐伯对曰：四经应四时；十二从应十二月；十二月应十二脉。
脉有阴阳，知阳者知阴，知阴者知阳。
凡阳有五，五五二十五阳。
所谓阴者，真脏也。见则为败，败必死也。
所谓阳者，胃脘之阳也。
别于阳者，知病处也，别于阴者，知生死之期。
三阳在头，三阴在手，所谓一也。
别于阳者，知病忌时，别于阴者，知死生之期。
谨熟阴阳，无与众谋。
所谓阴阳者，去者为阴，至者为阳，静者为阴，动者为阳，迟者为阴，数者为阳。
凡持真脉之藏脉者，肝主悬绝急，十八日死；心至悬绝，九日死；肺至悬绝，十二日死；肾至悬绝，七日死；脾至悬绝，四日死。
曰：二阳之病发心脾，有不得隐曲，女子不月；其传为风消，其传为息贲者，死不治。
曰：三阳为病发寒热，下为痈肿，及为痿厥，腨(疒肙)；其传为索泽，其传为(疒颓)疝。
曰：一阳发病，少气，善咳，善泄；其传为心掣，其传为隔。
二阳一阴发病，主惊骇、背痛、善噫、善欠，名曰风厥。
二阴一阳发病，善胀、心满善气。
三阴三阳发病，为偏枯萎易，四肢不举。
鼓一阳曰钩，鼓一阴曰毛，鼓阳胜急曰弦，鼓阳至而绝曰石，阴阳相过曰溜。
阴争于内，阳扰于外，魄汗未藏，四逆而起，起则熏肺，使人喘呜。
阴之所生，和本曰和。
是故刚与刚，阳气破散，阴气乃消亡。
淖则刚柔不和，经气乃绝。
死阴之属，不过三日而死，生阳之属，不过四日而死。
所谓生阳死阴者，肝之心谓之生阳，心之肺谓之死阴，肺之肾谓之重阴，肾之脾谓之辟阴，死不治。
结阳者，肿四支。
结阴者，便血一升，再结二升，三结三升。
阴阳结斜，多阴少阳曰石水，少腹肿。
二阳结，谓之消。
三阳结，谓之隔。
三阴结，谓之水。
一阴一阳结，谓之喉痹。
阴搏阳别，谓之有子。
阴阳虚，肠澼死。
阳加于阴，谓之汗。
阴虚阳搏，谓之崩。
三阴俱搏，二十日夜半死；二阴俱搏，十三日夕时死；一阴俱搏，十日死；三阳搏且鼓，三日死；三阴三阳俱搏，心腹满，发尽不得隐曲，五日死；二阳俱搏，其病温，死不治，不过十日死。
黄帝问道：人有四经十二从，这是什么意思？
歧伯回答说：四经，是指与四时相应的正常脉象，十二从，是指与十二个月相应的十二经脉。 脉有阴有阳，能了解什么是阳脉，就能知道什么是阴脉，能了解什么是阴脉，就能知道什么是阳脉。阳脉有五种，就是春微弦，夏微钩，长夏微缓，秋微毛，冬微石。五时各有五脏的阳脉，所以五时配合五脏，则为二十五种阳脉。所谓阴脉，就是脉没有胃气，称为真脏脉象真脏脉是胃气已经败坏的象征，败象已见，就可以断其必死。所谓阳脉，就是指有胃气之脉。辨别阳脉的情况，就可以知道病变的所在；辨别真脏脉的情况，就可以知道死亡的时期。三阳经脉的诊察部位，在结喉两旁的人迎穴，三阴经脉的诊察部位，在手鱼际之后的寸口。一般在健康状态之下，人迎与寸口的脉象是一致的。辨别属阳的胃脉，能知道时令气候和疾病的宜忌；辨别属阴的真脏脉，能知道病人的死生时期。临证时应谨慎而熟练地辨别阴脉与阳脉，就不致疑惑不绝而众议纷纭了。
凡诊得无胃气的真藏脉，例如：肝脉来的形象，如一线孤悬，似断似绝，或者来得弦急而硬，十八日当死；心脉来时，孤悬断绝，九日当死；肺脉来时，孤悬断绝，十二日当死；肾脉来时，孤悬断绝，七日当死；脾脉来时，孤悬断绝，四日当死。
一般地说：胃肠有病，则可影响心脾，病人往往有难以告人的隐情，如果是女子就会月经不调，甚至经闭。若病久传变，或者形体逐渐消瘦，成为“风消”，或者呼吸短促，气息上逆，成为“息贲”，就不可治疗了。 一般地说：太阳经发病，多有寒热的症状，或者下部发生痈肿，或者两足痿弱无力而逆冷，腿肚酸痛。若病久传化，或为皮肤干燥而不润泽，或变为颓疝。
一般的说：少阳经发病，生发之气即减少，或易患咳嗽，或易患泄泻。若病久传变，或为心虚掣痛，或为饮食不下，阻塞不通。
阳明与厥隐发病，主病惊骇，背痛，常常嗳气、呵欠，名曰风厥。少阴和少阳发病，腹部作胀，心下满闷，时欲叹气。太阳和太阴发病，则为半身不遂的偏枯症，或者变易常用而痿弱无力，或者四肢不能举动。
脉搏鼓动于指下，来时有力，去时力衰，叫做钩脉；稍无力，来势轻虚而浮，叫做毛脉；有力而紧张，如按琴瑟的弦，叫做弦脉；有力而必须重按，轻按不足，叫做石脉；既非无力，又不过于有力，一来一去，脉象和缓，流通平顺，叫做滑脉。
阴阳失去平衡，以致阴气争胜于内，阳气扰乱于外，汗出不止，四肢厥冷，下厥上逆，浮阳熏肺，发生喘鸣。
阴之所以不能生化，由于阴阳的平衡，是谓正常。如果以刚与刚，则阳气破散，阴气亦必随之消亡；倘若阴气独盛，则寒湿偏胜，亦为刚柔不和，经脉气血亦致败绝。
属于死阴的病，不过三日就要死；属于生阳的病，不过四天就会痊愈。所谓生阳、死阴：例如肝病传心，为木生火，得其生气，叫做生阳；心病传肺，为火克金，金被火消亡，叫做死阴，肺病传肾，以饮传阴，无阳之候，叫做重阴；肾病传脾，水反侮土，叫做辟阴，是不治的死症。
邪气郁结于阳经，则四肢浮肿，以四肢为诸阳之本；邪气郁结于阴经，则大便下血，以阴络伤则血下溢，初结一升，再结二升，三结三升；阴经阳经都有邪气郁结，而偏重于阴经方面的，就会发生“石水”之病，少腹肿胀；邪气郁结于二阳（足阳明胃、手阳明大肠），则肠胃俱热，多为消渴之症；邪气郁结于三阳（足太阳膀胱、手太阳小肠），则多为上下不通的隔症；邪气郁结于三阴（足太阴脾、手太阴肺），多为水肿膨胀的病；邪气郁结于一阴一阳（指厥阴和少阳）多为喉痹之病。
阴脉搏动有力，与阳脉有明显的区别，这是怀孕的现象；阴阳脉（尺脉、寸脉）具虚而患痢疾的，是为死症；阳脉加倍于阴脉，当有汗出，阴脉虚而阳脉搏击，火迫血行，在妇人为血崩。
三阴（指手太阴肺、足太阴脾）之脉，俱搏击于指下，大约到二十天半夜时死亡；二阴就（指手少阴心、足少阴肾）之脉俱搏击于指下，大约到十三天傍晚时死亡；一阴（指手厥阴心胞络、足厥阴肝）之脉俱搏击于指下，而鼓动过甚的，三天就要死亡；三阴三阳之脉俱搏，心腹胀满，阴阳之气发泄已尽，大小便不通，则五日死；三阳（指足阳明胃、手阳明大肠）之脉俱搏击于指下，患有温病的，无法治疗，不过十日就要死了。