同治帝载淳，6岁登极，在位13年，19岁病死。年号初定为“祺祥”。“辛酉政变”后改年号为同治，当时两宫皇太后垂帘听政，意为共同治国。
同治十二年（1873年）,同治皇帝亲政，十三年（1874年）死去，实际亲政只有一年多。同治6岁继承皇位之后，对他影响最大的两个人，一个是他的生母慈禧皇太后，另一个是他的皇叔父恭亲王奕訢。这种关系很像顺治皇帝同孝庄太后、皇叔睿亲王多尔衮的关系，但有两点不同：一是，当年孝庄太后是在后台懿训辅政，而慈禧太后是在前台垂帘听政；二是，当年睿亲王多尔衮摄政七年就病死，而恭亲王奕訢做议政王直到同治死。关于同治与叔父恭亲王的关系，我们将结合历史事件的叙述展示。先说同治皇帝与母亲慈禧太后的关系。
慈禧的地位很特殊，辛酉政变后开了皇太后“垂帘听政”的先河。慈禧皇太后是同治的第一位老师，又一直掌握着朝政大权。慈禧掌控同治、光绪两代皇帝而成为中国近代史上朝廷权力的中心，长达48年之久。因此，讲同治不能不先讲慈禧，而讲慈禧不能不先了解慈禧的身世。
同治的母亲慈禧太后，由于她的特殊地位、身份、影响与作用，对其身世，有多种异说。尤其是慈禧的出生地，可谓众说纷纭。除北京说之外，还有五种说法：（1）甘肃兰州，（2）浙江乍浦，（3）内蒙古呼和浩特，（4）安徽芜湖，（5）山西长治。
慈禧出身于满洲镶蓝旗（后抬入满洲镶黄旗）一个官宦世家。慈禧的曾祖父吉朗阿，曾在户部任员外郎，遗下银两亏空，离开人世。祖父景瑞，在刑部山东司任郎中，相当于现在部里的一个司局长。在道光二十七年（1847年）时，因没能按时退赔其父吉朗阿在户部任职时的亏空银两而被革职。外祖父惠显，在山西归化城当副都统。父亲名叫惠征，在吏部任笔帖式，是一个相当于人事部秘书、翻译的八品文官，后屡有升迁。根据清宫档案《内阁京察册》（清政一府对京官三年一次的考察记录）记载：慈禧的父亲惠征，在道光十一年（1831年）时是笔帖式，道光十四年（1834年）考察被定为吏部二等笔帖式。十九年（1839年）时是八品笔帖式。道光二十三年（1843年）再次考察定为吏部一等笔帖式。二十六年（1846年）调任吏部文选司主事。二十八年（1848年）、二十九年（1849年）因为考察成绩又是一等，受到皇帝接见，被外放道府一级的官职。同年四月，任山西归绥道。咸丰二年（1852年），调任安徽徽（徽州府）宁（宁国府）池（池州府）太（太平府）广（广德州）道的道员。
从慈禧之父惠征的履历看，他曾先后在北京、山西、安徽等地任职。那么，慈禧出生在何处？
关于慈禧的出生地几乎没有留下任何文献记载，因为谁也没有料到几十年后这个普通官宦之家的女子，会成为执掌大清国朝政近半个世纪的圣母皇太后。近几年，北京的学者从清宫档案中找到了新的史料，就是清朝皇帝选秀女的名单，这在档案中叫做“排单”。其中有咸丰五年（1855年）慈禧的亲妹妹被选为秀女的记录。慈禧的这位妹妹后来成了醇郡王奕譞的侧福晋，光绪皇帝的生母。“排单”上明确记载：此女属满洲镶蓝旗，姓叶赫那拉氏，父亲名叫惠征，最高官职做到五品的道员。一些学者主要根据这份“排单”认定，咸丰五年之前，慈禧的一娘一家住在北京西单牌楼北劈柴（辟才）胡同。所以，这里应该是慈禧太后的出生地。按照京师八旗分城居住的规定，乾隆三十五年（1770年），镶蓝旗满洲都统衙门在阜成门内华嘉寺胡同；到民国初年，镶蓝旗满洲都统衙门旧地在阜成门内华嘉寺14号。劈柴胡同距华嘉胡同很近。慈禧的父亲属于满洲镶蓝旗，应当住在劈柴胡同一带。
此外，还有人认为慈禧出生在北京东城方家园。《清朝的皇帝》记述：“慈禧母家在东城方家园，父官至安徽徽宁池太广道，时当道光末年，洪杨起事，惠征守土无方，革职留任，旋即病殁，遗妻一、子女各二，慈禧居长。”有书说：“恭亲王曾慷慨言之：‘大清天下亡于方家园’！”注云：“方家园在京师东北角，为慈禧母家所在地。”慈禧之弟照祥，袭承恩公。《翁同龢日记》同治九年（1870年）八月十七日记载了慈禧母亲发丧一事：“昨日照公（照祥）母夫人出殡，涂车刍灵之盛，盖自来所未有，倾城出观，几若狂矣！沿途祭棚络绎，每座千金，廷臣往吊者皆有籍，李侍郎（军机大臣、户部侍郎李鸿藻）未往，颇忤意旨。”
慈禧家的具体地点至今没有解决，慈禧入宫时选秀女的“排单”至今也没有发现，所以慈禧的出生地点以及身世仍存在着如下五种异说。
第一，慈禧出生在甘肃兰州说。是根据慈禧的父亲惠征曾任过甘肃布政使衙门的笔帖式。传说慈禧出生在当年他父亲住饼的兰州八旗马坊门（今永昌路179号院）。但是，经过专家查阅文献、档案，发现惠征虽然做过笔帖式，但其地点是在北京的吏部衙门，而不是在兰州的布政使衙门。
第二，慈禧出生在浙江乍浦说。是根据慈禧的父亲惠征曾在浙江乍浦做官。《人民日报》曾发表一篇小文，题目是：《史界新发现——慈禧生于浙江乍浦》。这篇文章说：慈禧的父亲惠征，在清道光十五年至十八年（1835～1838年）间，曾在浙江乍浦做过正六品的武官骁骑校，而慈禧正是在这段时间出生的，所以她的出生地在浙江乍浦。这篇文章又说：在现今乍浦的老人当中，仍然流传着关于慈禧幼年的传说。当时的规定，京官每三年进行一次考核。学者查阅清朝考核官员的档案记载：这时的惠征被考核为吏部二等笔帖式，三年后又被“懿妃（慈禧）遇喜大阿哥”档案作为吏部笔帖式进行考试，可见这时惠征在北京做吏部笔帖式，为八品文官。所以，这种说法值得怀疑：其一，惠征不能同时既在北京做官又在浙江做官；其二，官职也不对，在京师是文官，在浙江是武官；其三，品级也不合。
第三，慈禧出生在安徽芜湖说。是根据慈禧的父亲惠征曾做过安徽徽宁池太广道的道员，道员衙署在芜湖，因此说她出生在芜湖。慈禧既然生长在南方，便善于演唱江南小曲，由此得到咸丰帝的一宠一幸。一些小说、影视多是这么说的。电一影《火烧圆明园》中有一个情节，兰贵人（就是后来的慈禧）在圆明园“桐荫深处”唱一曲缠一绵小曲，咸丰皇帝听得如一醉如痴，从此博得一宠一爱一。显然，不能以慈禧擅唱南方小曲，孤立地作为她出生在南方的证据。就像北方人会唱黄梅戏，不能以此证明出生在安徽一样。根据历史记载：惠征当徽宁池太广道员是在咸丰二年（1852年）二月，正式上任是在同年七月。而慈禧已经在咸丰元年（1851年）入宫，被封为兰贵人；档案中还保存有兰贵人受到赏赐的赏单。可见慈禧不会是生于安徽芜湖。
第四，慈禧出生在今内蒙古呼和浩特说。是根据慈禧的父亲惠征曾任过山西归（化）绥（远）道的道员。清代的绥远城，今为内蒙古自治区呼和浩特市，这种说法又称为内蒙古说。慈禧的父亲惠征当年曾任山西归绥道，道署在归化城（今呼和浩特市）。据说在呼和浩特市有一条落凤街，慈禧就出生于落凤街的道员住宅里，甚至传说慈禧小时候常到归化城河边玩耍。但文献记载，道光二十九年（1849年），惠征任山西归绥道道员时，慈禧已经15岁，所以说慈禧不可能出生于归化城。不过，慈禧可能随父惠征在归化城住饼。慈禧的外祖父惠显，从道光十一年至十七年（1831～1837年）年，在归化城做官，当过副都统。慈禧可能在外祖父家住饼。以上就成为慈禧出生归化（今呼和浩特）说的一个历史的影子。慈禧的母亲不可能从北京回一娘一家生孩子，因为这在当时既路途遥远，也不合礼法。所以，慈禧不大可能出生在今呼和浩特市。
第五，慈禧出生在今山西长治说。这是近年来的一种新说法。此说认为慈禧不是满洲人，生父也不是惠征。今山西长治当地传说：慈禧原是山西省潞安府（今长治市）长治县西坡村王增昌的女儿，名叫王小慊，4岁时因家道贫寒，被卖给上秦村宋四元家，改姓宋，名龄娥。到了11岁，宋家遭到不幸，她又被转卖给潞安府（今长治市）知府惠征做丫头。一次，惠征夫人富察氏发现龄娥两脚各长一个瘊子，认为她有福相，就收她作干女儿，改姓叶赫那拉氏，取名玉兰。后来玉兰被选入宫，成了兰贵妃。说慈禧是王家的女儿，当地提出的根据是：（1）王姓家谱从乾隆五十九年（1794年），一直续谱到现代。王氏家谱上更写着：“王小慊后来成为慈禧太后”。但是，这份家谱不是原家谱，是后来重抄的。（2）当地还传说：在西坡村外边的山脚下，还有据说是慈禧生母的坟。坟前有碑，原来是木牌，后来竖一立石碑。说慈禧是宋家的女儿，当地提出的根据是：（1）在上秦村里至今保存着一处一娘一娘一院，被认为是慈禧入宫前住饼的院落。（2）在宋家的炕上曾刨出了当年慈禧给宋家写的家信等，据说她一娘一家六代侄孙还保存着这封信。（3）在上秦村居住的宋家老人说：“慈禧太后是咱家的。”为此，宋家曾联名写信，要求政一府调查澄清这件事。上面的传说，有文有物，具体生动。长治地方众口一词，画押证明，说慈禧是长治人。长治市还为此专门成立“慈禧童年研究会”。上述动人的传说，真是太传奇了。经专家考证，在这段时间，历任潞安府的知府共有七个人，但是没有惠征。既然惠征没有在山西潞安府做过官，那么慈禧怎会在潞安被卖到惠征家呢？
总之，不管慈禧生长在哪里，她都是出身于官宦家庭。再加上慈禧在咸丰身边的政治阅历，使她具有一般女子所没有的远见、胆识、机智、谋略和手腕。慈禧在咸丰皇帝死后，帝后集一团一与帝胤集一团一结合，发动宫廷政变，摧毁“赞襄政务”八大臣集一团一。这场政变发生在咸丰十一年（1861年）即农历辛酉年，所以史称“辛酉政变”。
同治继承皇位后，在位的13年间，主要发生了四件大事：第一件是即位当年发生的辛酉政变；第二件是清军攻占南京，太平天国失败。大家对此很熟悉，就不讲了；第三件是同治新政；第四件是重修圆明园。下面讲辛酉政变。
在上文提到，咸丰皇帝的第三错，是临终前错定了顾命大臣。它的一个直接后果是引发了“辛酉政变”。
当时，朝廷主要分为三股政治势力：其一是顾命大臣势力，其二是帝胤势力，其三是帝后势力。三股政治势力的核心是同治皇帝，哪股政治势力能够同帝后势力相结合，它就会增加胜利的可能一性一。
当时朝廷大臣实际上分为两部分：一半在承德，另一半在北京。即：前者是以肃顺为首的“承德集一团一”，后者是以奕訢为首的“北京集一团一”。在北京的大臣，又发生了分化，一部分倾向于顾命大臣，大部分则倾向于帝胤和帝后势力。从而出现错综复杂的局面。“承德集一团一”随驾，主要人物有赞襄政务八大臣：载垣、端华、景寿、肃顺和军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛等。“北京集一团一”以恭亲王奕訢为首，其支持者为五兄惇亲王奕脤、七弟醇郡王奕譞、八弟钟郡王奕詥、九弟孚郡王奕譓，还有军机大臣文祥、桂良、宝鋆等人。
文祥，满洲正红旗人，道光进士，军机大臣。英法联军一逼一京师，咸丰帝决定巡幸热河。文祥“以动摇人心，有关大局，且塞外无险可扼，力持不可”，而被留守京师。军机大臣中独其一人被排除在赞襄政务大臣之外。
桂良，满洲正红旗人，为奕訢岳父，官湖广总督、直隶总督、东阁大学士。咸丰赴热河，同奕訢留守。
宝鋆，满洲镶白旗人，道光进士，署理户部三库事务。咸丰至热河，调帑银20万两修葺行宫，宝鋆“以国用方亟，持不可”，而受责降级。
翁心存，道光进士，入直上书房，授惠郡王读书，又授六阿哥、八阿哥读书。咸丰时任上书房总师傅，拜体仁阁大学士。对肃顺兴大狱心存不满，载垣等请褫其顶带，归案讯质，被降五级，革职留任。翁心存、祁寯藻、彭蕴章，他们都是上书房的师傅，翁、祁、彭“三人者，并与肃顺不协，先后去位”。
贾桢，山东黄县人，道光一甲二名进士，后擢侍讲，入直上书房，授皇六子奕訢读书，后任武英殿大学士。咸丰赴热河，命桢留守，桢“日危坐天一安一门，阻外军不令入”。
所以，奕訢周围这些人的特点：一是汉儒老臣多，二是正直不阿之臣多，三是对西方了解之臣多，四是力议咸丰在京主政者多，五是议和后请皇帝回銮者多，六是官员年富力强者多。以奕訢为首的“北京集一团一”，得到两宫皇太后与同治皇帝的支持。
以上两个朝廷集一团一，咸丰承德断气之日，便是开始较量之时。
七月
十七日，咸丰帝死。他临终前做了三件事：（1）立皇长子载淳为皇太子。（2）命御前大臣载垣、端华、景寿，大学士肃顺和军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛八人为赞襄政务大臣，八大臣控制了政局。（3）授予皇后钮祜禄氏“御赏”印章，授予皇子载淳“同道堂”印章（由慈禧掌管）。顾命大臣拟旨后要盖“御赏”和“同道堂”印章。八大臣同两宫太后发生矛盾。
十八日，大行皇帝入殓后，以同治皇帝名义，尊孝贞皇后为皇太后即母后皇太后，尊懿贵妃为孝钦皇太后即圣母皇太后。
八月
初一日，恭亲王奕訢获准赶到承德避暑山庄叩谒咸丰的梓宫。《我的前半生》记载：相传奕訢化妆成萨满，在行宫见了两宫皇太后，密定计，旋返京，做部署。奕訢获准同两宫太后会面约2个小时。奕訢在热河滞留6天，尽量在肃顺等面前表现出平和的姿态，麻痹了顾命大臣。两宫太后与恭亲王奕訢，破釜沉舟，死中求生，睿智果断，抢夺先机，外柔内刚，配合默契。恭亲王奕訢同两宫太后密商决策与步骤后，返回北京，准备政变。此时，咸丰皇帝刚驾崩13天。
初五日，醇郡王奕譓为正黄旗汉军都统，掌握实际的军事权力。
初六日，御史董元醇上请太后权理朝政、简亲王一二人辅弼的奏折。
初七日，准兵部侍郎胜保到避暑山庄。胜保在下达谕旨不许各地统兵大臣赴承德祭奠后，奏请到承德哭奠，并率兵经河间、雄县一带兼程北上。
十一日，就御史董元醇奏折所请，两宫皇太后召见八大臣。肃顺等以咸丰遗诏和祖制无皇太后垂帘听政故事，拟旨驳斥。两宫皇太后与八位赞襄政务大臣激烈辩论。八大臣“哓哓置辩，已无人臣礼”。《越缦堂国事日记》记载：肃顺等人恣意咆哮，“声震殿陛，天子惊怖，至于涕泣，遗溺后衣”，小皇帝吓得尿了裤子。两宫太后不让，载垣、端华等负气不视事，相持愈日，卒如所拟。八大臣想先答应两宫太后，把难题拖一下，回到北京再说。
十八日，宣布咸丰灵柩于九月二十三起灵驾，二十九日到京。
九月
初一日，同治上母后皇太后为慈安皇太后、圣母皇太后为慈禧皇太后徽号。
初四日，郑亲王端华署理行在步军统领，醇郡王奕譓任步军统领。先是，两宫太后召见顾命大臣时，提出端华兼职太多，端华说我只做行在步军统领；慈禧说那就命奕譓做步军统领。奕譓做步军统领就掌握了京师卫戍的军权。不久，奕譓又兼管善捕营事。
二十三日，大行皇帝梓宫由避暑山庄启驾。同治与两宫皇太后，奉大行皇帝梓宫，从承德启程返京师。两宫太后和同治只陪了灵驾一天，就以皇帝年龄小、两太后为年轻妇道人家为借口，从小道赶回北京。
二十九日，同治奉两宫太后回到北京皇宫。因为下雨，道路泥泞，灵驾行进迟缓。同治奉两宫皇太后间道疾行，比灵驾提前4天到京。两宫皇太后到京后，即在大内召见恭亲王奕訢等。
三十日，发动政变。同治与两宫皇太后，宣布在承德预先由醇郡王奕譓就之谕旨，宣布载垣等罪状：
（1）“上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹划乖张所致。载垣等不能尽心和议，徒以诱一惑英国使臣以塞己责，以致失信于各国，淀园被扰。我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也！”就是将英法联军入侵北京、圆明园被焚掠、皇都百姓受惊、咸丰皇帝出巡的政治责任全扣到载垣等八大臣头上。
（2）以擅改谕旨、力阻垂帘罪，解载垣、端华、肃顺、景寿任，穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛退出军机。《清史稿·肃顺传》记载：此前，“肃顺方护文宗梓宫在途，命睿亲王仁寿、醇郡王奕譓往逮，遇诸密云，夜就行馆捕之。咆哮不服，械系。下宗人府狱，见载垣、端华已先在。”《清穆宗毅皇帝实录》记载：“以醇郡王奕譓管善捕营事。”这可能同奕譓逮捕肃顺事有关。
十月
同治帝在大典上穿过的小朝袍初一日，命恭亲王奕訢为议政王、军机大臣。随之，军机大臣文祥奏请两宫皇太后垂帘听政。《清史稿·文祥传》记载：“十月，回銮，（文祥）偕王大臣疏请两宫皇太后垂帘听政。”命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝鋆、文祥为军机大臣。
初三日，大行皇帝梓宫至京。
初五日，从大学士周祖培疏言“怡亲王载垣等拟定‘祺祥’年号，意义重复，请更正”，诏改“祺祥”为“同治”。“同治”含义可做四种诠释：一是两宫同治，二是两宫与亲贵同治，三是两宫与载淳同治，四是两宫、载淳与亲贵同治。
初六日，诏赐载垣、端华在宗人府空室自尽，肃顺处斩，褫景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛职，穆荫发往军台效力。据记载：“将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之一声，皆为人臣子所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁一柄一敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。”
初九日，载淳在太和殿即皇帝位。
二十六日，礼亲王世铎奏遵旨会议并上《垂帘章程》。懿旨：依议。于是，皇太后垂帘听政之举，舆论已经造势，章程亦已制定。
十一月
初一日，同治奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。垂帘听政之所设在大内养心殿东间，同治帝御座后设一黄幔（初为黄屏），慈安皇太后与慈禧皇太后并坐其后。恭亲王奕訢立于左，醇亲王奕譞立于右。引见大臣时，吏部堂官递绿头笺，恭亲王奕訢接后，呈放在御案上。皇太后垂帘听政，这在中国历史上，既是空前的，也是绝后的。在这里附带说一点。慈禧本来没有文化，但她注重学习。两宫太后命南书房、上书房师傅编纂《治平宝鉴》，作为给两宫太后的教科书，仿照经筵之例，派翁同龢等定期进讲。后来慈禧也能批阅奏章，但常有语句不通和错别字之处。
这次政变，因载淳登极后拟定年号为祺祥，故史称“祺祥政变”；这年为辛酉年，又称“辛酉政变”；因政变发生在北京，又称为“北京政变”。其时，“辛酉政变”的三个主要人物——慈安皇太后25岁，慈禧皇太后27岁，恭亲王奕訢30岁。
“辛酉政变”取胜的直接原因是：
第一，两宫皇太后和恭亲王奕訢，抓住并利用官民对英法联军入侵北京、火烧圆明园的强烈不满，对“承德集一团一”不顾民族、国家危亡而逃到避暑山庄的不满，而把全部历史责任都加到顾命八大臣头上。也把咸丰皇帝到承德的责任加到他们头上。从而两宫皇太后和恭亲王奕訢取得政治上的主动，争取了官心、军心、旗心、民心，顾命八大臣则成了替罪羊。
第二，两宫皇太后和恭亲王奕訢，利用了顾命大臣对慈禧与奕訢的力量估计过低而产生的麻痹思想，又利用了帝后虽是孤儿寡母，却掌握“御赏”、“同道堂”两枚印章——顾命大臣虽可拟旨不加盖这两枚印章却不能生效，两宫太后与奕訢可由大臣拟旨加盖这两枚印章便能生效的有利条件。
第三，两宫皇太后和恭亲王奕訢，抢占先机，先发制人，没有随大行皇帝灵柩同行，摆脱了顾命大臣的控制与监视，并从间道提前返回，利用自七月十七日咸丰死，到咸丰灵柩运到皇宫，其间74天的充分时间，进行政变准备。原定九月二十三日起灵驾二十九日到京，因下雨道路泥泞，而迟至九月初三日到京，比原计划晚了4天。两宫太后于二十九日到京，三十日政变，时间整整差了3天。这为她们准备政变提一供了时间与空间，打了一个时间差与空间差。
第四，两宫皇太后和恭亲王奕訢，意识到并预感到：这是他们生死存亡的历史关键时刻，惟一的出路就是拼个鱼死网破。慈禧曾风闻咸丰帝生前肃顺等建议他仿照汉武帝杀其母留其子的“钩弋夫人”故事，免得日后皇太后专权。这个故事，《汉书·外戚传上》记载：汉武帝一宠一幸钩弋夫人赵婕妤，欲立其子，以“年稚母少，恐女主颛(zhuān)恣乱国家”。赵婕妤遭汉武帝谴责而死。汉武帝临终前，立赵婕妤子为皇太子，以大司马、大将军霍光辅少主，是为汉昭帝。但是，咸丰帝没有像汉武帝那样做，而是用“御赏”和“同道堂”两枚印章来平衡顾命大臣、两宫太后之间的关系，并加以控制。结果，这两枚印章被两宫太后所利用，打破了初始的权力平衡结构。
“辛酉政变”是君权与相权的一次大的冲突，表现了两宫皇太后和恭亲王奕訢的聪明才智。它的重大结果是清朝体制的一大改变。经过“辛酉政变”，否定“赞襄政务”大臣，而由慈安皇太后与慈禧皇太后垂帘听政，这是重大的改制。“辛酉政变”后，恭亲王奕訢为议政王，这是当年睿亲王多尔衮辅政的再现。但有一点不同：既由帝胤贵族担任议政王、军机大臣，又由两宫太后垂帘听政。这样皇权出现二元：议政王奕訢总揽朝政，皇太后总裁懿定。这个体制最大的特征是皇太后与奕訢联合主政，后来逐渐演变为慈禧独揽朝政的局面。随之产生一个制度：领班军机大臣由亲贵担任，军机大臣满洲两人、汉人两人。在同治朝，大体维持了这种五人军机结构的局面。
“辛酉政变”就满洲贵族而言，主要是宗室贵族同帝胤贵族的矛盾与拼杀。两宫皇太后特别是慈禧皇太后，主要利用和依靠帝胤贵族，打击宗室贵族，取得了胜利。
同治皇帝在辛酉政变后，内有两宫皇太后垂帘听政，外有议政王奕訢主政，从而开始了同治新政。
同治朝遇上了难得的历史机遇：在国内处于“太平天国”与“义和一团一”两次重大社会动荡之间，在国际处于英法联军与八国联军两次入侵之间，如同处在两次大风暴中间的缓冲期。同治之前的道光、咸丰，之后的光绪、宣统，都没有这样的有利条件。这就给同治朝实行新政提一供了难得的机遇。日本明治维新也正在此时。两宫太后垂帘听政、议政王奕訢主持政务，互相配合，推行新政。在奕訢集一团一的主持下，新政的主要措施是：成立总理衙门、设立同文馆、办新式学校、派人出洋、办厂开矿、修筑铁路等，实行学习西方近代化举措，开始走向开放、进步。
（一）设立总理衙门。全称为总理各国通商事务衙门，一般称作“总理各国事务衙门”，于咸丰十年（1861年）十二月初十日正式批准成立。它的实际职能是总揽新政的中央政一府机构，是面对世界局势、完全创新的机构。它不仅掌管清廷与各国间的外交事务，而且包括对外贸易、海关税务、边疆防务、海军建设、新式工矿业，以及建新式学校、兴修铁路、矿务等，实际上它相当于清廷的内阁兼外交部。这是二千年来第一个专门处理外事的中央机构。总理衙门由亲王一人总领，实为首席大臣，其他大臣从军机大臣、大学士、尚书、侍郎等中指派充任。下设独立公所，计有英、法、俄、美和海防五股等机构。其中，俄国股，兼理俄、日两国外交事务；英国股，兼理奥地利交涉事务；美国股，掌办对美、德、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙各国交涉事务；法国股，兼理法国、荷兰、西班牙、巴西各国交涉事务；后设海防股，掌管南北洋海防等。总理各国事务衙门的主旨是办理同西方关系事务，创办近代化事业，它的出现是中国走向近代化的一个标志。随之，设立驻外使领馆。
(二)出洋考察。西方国家两次破门而入，清朝才被迫开门而出。中国走向世界，世界也走向中国。汉、唐盛世时，中国没有人走出过亚洲，法显和玄奘“取经”的“西天”，是印度而不是欧洲。明朝的郑和下西洋也没有到欧洲。清朝向西洋考察，开始于同治五年(1866年)。这年的春天，总税务司赫德要回国结婚，向奕訢请6个月假，顺便建议清政一府派人到西方去考察。这正合奕訢的心意，于是上奏请派员出国考察并获准，从而有了清政一府派斌椿等人走出国门的破天荒事件。
斌椿，《清史稿》无传，旗人。当时官员们对出国考察都不愿去，也不敢去，而63岁的斌椿报名应征。亲朋故旧以“云风险涛”相劝止，甚至有人以苏武被扣匈奴相告诫，但他决心亲自一试。斌椿是既受政一府派遣、又为政一府官员中赴西欧考察的“东土西来第一人”。同治五年(1866年)正月二十一日，斌椿率三名同文馆的学生及自己的儿子广英(为照顾其父同行)，离京从上海乘轮船出洋，经过一个月零八天的航程，到达法国马赛。他在欧洲游历110多天，访问了法、英、荷兰、丹麦、瑞典、芬兰、俄国、普鲁士、挪威、比利时等国，于九月十八日回到北京。斌椿写出《乘槎笔记》，第一次记录下亲眼所见诸如火车、轮船、电报、电梯、机器印刷、蒸汽机、摄影、起重机、一抽一水机、显微镜、幻灯机、纺织厂、兵工厂等。还第一次参观并记述了欧洲博览会、芭蕾舞、大英博物馆、国家议院、近代报社、高等学院，以及法国的凡尔赛宫、凯旋门等。他看到了西方近代的科技与文明。
(三)培养洋务人才。开办外国语学校、实业学堂、近代军事学校、派遣留学生等。同治朝新式学校最早者是京师同文馆。从京师八旗子弟中选出10名学生，教员则由英国教士包尔腾担任。同文馆除了聘请洋人教授外语，还请徐树琳教授儒家经典。当时的工薪，汉文教员年薪100两，外国教师年薪1000两。同文馆学生膳食、文具全由政一府承担，每月另发10两津贴。月课合格者奖银32两，季考合格者奖银48两，岁试及格者奖励72两。若三次考试都及格，共得奖银152两，加上每月津贴，每年得银272两。后奕訢请在同文馆开设“天文”、“算学”馆，“采西学”、“制洋器”，引起了京师内外的轩然大一波。有人说：学“西技”是“舍本求末”，讲“气节”才是“强根固本”。也有人认为：设立同文馆将使中国传统丧失，令中国官员士子向外人学习技艺，不仅是一大耻辱，而且将使中国“变而从夷”。京师流传出一副对联：“鬼计本多端，使小朝廷设同文馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类师”。于是传称奕訢为“鬼子六”。前门外墙壁上出现“揭帖”，上写：“未同而言，斯文将丧”，此帖里嵌着“同文”二字，讽刺设立同文馆，中国将丧失传统文明。候补直隶知州杨廷熙呈递条陈道：“西学”乃“西洋数千年魑魅魍魉横恣中原”之学，请洋人为教员将使“忠义之气自此消”，“廉耻之道自此丧”。有人将当年春旱，渲染为“天道示警”，攻击是奕訢等人倡行“西学”而致，乃纷纷上折，要求同文馆停止招考。更严重的是，大学士、同治皇帝的师傅倭仁也上书反对。他认为：“立国之道，尚礼义不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。”又说：“古往今来未闻有恃术数而能起衰振弱者。”认为不必向外国学，以中国之大，“必有一精一其术者”。奕訢等递上驳斥倭仁的奏折：仅尚空谈，不切时务，中国将愈益落后。英、法皆小一柄一，却几次打败中国，所恃者正是科学技术。朝廷一味因循敷衍，才一败再败。并请倭仁保举“一精一其术者”。倭仁保举不出人才，只好退让。由于两宫皇太后态度明朗，使攻击同文馆招生之风被压下去。然而同文馆的招生受到很大影响，原报名者98人，但参加考试者仅有72名，其中30人是为了有优厚奖学金而报考。半年后只余下10名学员尚能跟上学业，遂与原来在馆的八旗子弟合为一班。后在上海、广州也开设了类似的学校，招收满、汉子弟入学，只开设外语课，请美国人做教师。同文馆后来聘请美国人丁韪(wěi)良为总教习，开设化学、数学、天文、物理、国际法、外国史地、医学、生理学、政治经济学等课程，毕业年限改为8年，至此同文馆初具一所综合一性一高等学府之规模。作为第一所近代学堂开办起来后，它带动了其他近代学校的出现。该校在光绪二十八年(1902年)并入京师大学堂。它培养了一大批通“西学”的人才，其中仅驻外公使就培养出28人。
同治朝开设的新式学校，还有江南制造局附设的机械学堂、福州船政局附设的船政学堂等。福州船政学堂又称“求是堂艺局”，是同治五年(1866年)由左宗棠主持福州船政局时附设。这所学校是近代较早开设的一所以学习自然科学为主的新式学校，同时又有军事学校的一性一质，以培养海军和造船人才为目的之一。
（四）派留学生出国。同治十一年(1872年)，首批30名“幼童”奔赴美国留学，史称“幼童出洋”。同治年间留学之风兴起，与容闳分不开。容闳(1828～1912年)，广东香山(今中山)人，道光二十一年(1841年)入澳门马礼逊教会学堂读书，家长想让他学成后做买办。后该校教员、美国人布朗回美国时，容闳随他去了美国，成为近代早期留学生之一。他在美国先读中学，后入耶鲁大学，攻读4年，于咸丰四年(1854年)获该校文学学士学位后回国。同治九年(1870年)，曾国藩任直隶总督，容闳为其幕僚和译员。他多次向曾国藩建议派遣留学生出国学习。同年，清政一府批准了曾国藩等上奏派留学生的章程，决定派遣120名十二三岁幼童去美国留学，学习期限为15年，在上海成立留学出洋局管理此事。后以陈兰彬、容闳为正副委员，常驻美国，经管留学生事务。幼童留学生年龄一般在12～16岁，出国前在上海培训。因为当时风气未开，招生工作极难进行，幼童父母都不愿把孩子送到遥远的大洋彼岸去。如詹天佑，他的邻居在香港做事，向其父介绍留学招生一事，并劝他送詹天佑报名。但其父要儿子走科举正途，而不愿意出去留学。这位邻居再三说明去美国留学比科举进士有出息，并提出如果詹天佑去美国留学，就把女儿许配给他。他父亲才愿送子出国，当时詹天佑才12岁。后来詹天佑学成回国，修筑京张铁路，建滦河大桥，称著于世。幼童先受预备班半年教育，学习简单的英语，了解美国情况。学校要求极严格，学习差的经常受体罚，幼童们都很努力，完成了预期学业。同治十一年(1872年)夏，经过考试选拔，第一批幼童30名，在上海乘轮船出洋。从同治十一年到光绪元年(1875年)，每年出国一批，每批30人，共有四批120人赴美国留学。幼童们到了美国，成为美国新闻中的轰动事件，美国总统还接见了他们。中国留学生给美国人留下“聪明能干，彬彬有礼”的印象，并说他们是“中国的荣誉”。容闳提出并把他们分别安排在美国平民家庭中生活。美国的教师、医生、绅士们纷纷把中国幼童领到自己家中，每个家庭对幼童都关怀备至，为他们提一供较好的吃住条件，关心他们的学习和生活。他们成为中西文化交流的桥梁。
但是，清政一府派往美国监督留学的官员陈兰彬等，以留学生学运动、学跳舞，不穿长袍马褂而穿西服，不行跪拜礼而行握手礼，甚至于有的学生剪了辫子等，认为“他们纵能学成归国，非特无益于国家，亦且有害于社会”，向清廷建议将留美学生撤回。总理衙门大臣奕訢虽是要求实行新政的人，他对留学生违背“祖训”却接受不了，便奏请于光绪七年(1881年)五月，“将出洋学生一律调回”。留美学生自同治十一年(1872年)首批出洋，至光绪七年（1881年）撤回，最长者达9年。出国时的12～16岁的少年，归来时已是20多岁的青年。他们在美国虽未完成计划的学业，但都受到西方的教育。这些留学归国的青年，后来逐步成为中国政界、军界、学界、工商界等方面的知名人物和科技骨干，为中国近代建设做出了贡献。据不完全统计：从事行政和外交者24人，其中成为领事、代一办者12人，外交次长、公使2人，成为总长者1人，内阁总理1人；加入海军者20人，其中成为海军将领者14人；从事教育者5人，其中成为大学校长者2人；从事实业者30人，其中成为工矿负责人者9人、工程师6人、铁路局长3人等。
(五)洋务求强。曾国藩、李鸿章、左宗棠等在上海、南京、福州相继办起了近代军工厂，多聘请洋员充当技术指导。这就是所谓的“洋务运动”，它包括举办新式军用工业，编练新式军队，加强国防建设等，其宗旨是“求强”与“求富”。奕訢强调学习“西学”，制造“西器”。他认为，“采西学”、“制洋器”早在清初康熙大帝时就进行过了，如今再搞是发扬光大祖制和传统。
咸丰十一年(1861年)十一月，安庆军械所办成，并很快仿制出一批洋槍洋炮。曾国藩集合起湘军军官、幕僚试看演射。后膛槍、开花炮的威力、射程、射速、准确度、杀伤力比起鸟槍、抬槍和土炮的确强多了。湘军和幕僚拍手称赞，曾国藩兴奋不已。
海军建设，主要还是向外国购舰。19世纪70年代，由李鸿章主持向英国购买的军舰有“龙骧”、“虎威”、“飞霆”、“策电”、“镇东”、“镇西”、“镇南”、“镇北”等炮艇。19世纪80年代，德国的军一火和造船工业有了突出的发展，李鸿章转向德国订购战舰。
同治三年，清政一府才开办大型兵工厂，计有江南制造局、金陵制造局、福州船政局、天津机器局、西安机器局等20余个。而规模大、有典型一性一的为江南、金陵、福州、天津、汉一陽一等几个兵工厂。
江南制造总局。是曾国藩与李鸿章共同创办的一个规模最大的军事工业。同治四年（1865年），李鸿章委托海关道员丁日昌买下设立在虹口的美商旗记铁工厂，把上海、苏州两个洋炮局搬至上海，成立了大型军事工业制造局。同治六年，曾国藩主张在该厂制造轮船，又在上海海关拨出两成关税，为造船经费之用。此后，工厂逐年扩充，计有洋槍厂、洋炮厂、炮弹厂、火药厂、轮船厂、炼钢厂、子弹厂、水雷厂，并设有学校和翻译馆，其规模较为宏大。同治七年，造船厂造出了第一艘轮船，取名“惠吉”，至中法战争前共制出15艘军舰，最大者为2800吨，小者只有数百吨。
金陵制造局。是同治四年(1865年)李鸿章任两江总督时把马格里主持的苏州洋炮局迁到南京雨花台，并加以扩充，更名为金陵制造局，主要制造大炮和弹药。到光绪初年，该厂计有三个机器厂，还有火药、火箭、水雷等工厂，规模也很大。
福州船政局。设于同治五年(1866年)，是闽浙总督左宗棠创设的造船厂。该厂所聘洋员分别任监督和副监督。该厂由炼钢厂、船厂和学堂三部分组成。工厂尚未建成，左宗棠便调往西北镇压回民起义，该局由福州船政大臣沈葆桢接办。同治八年(186一9年)，该局造出第一艘轮船，取名“万年青”，到同治十三年(1874)，共造出轮船15艘。此后外籍工匠全部撤走，由船政学堂的毕业生接管技术工作。到甲午战前，又造轮船20艘。中法战争前制造的轮船质量较差，全为木壳船，直到光绪十年(1884年)才能制造铁甲舰，其造船技术一直未见提高，同英、德等国所制的铁甲舰和巡洋舰皆无法相比，中法战争之前所造的军舰多数毁于中法马尾之战中。
江南制造局、金陵制造局、天津机器局皆为李鸿章直接控制，这三个军事工业统称为“北洋三局”。
这些军事工业的出现，引进了先进的科学技术和大机器生产，对吸收西方先进科学技术和科技人才培养，起到了积极的作用。
同治十二年（1873年）正月，同治帝亲政，时年18岁。他亲政时，诏“恪遵慈训”，就是要遵守圣母的懿旨。他亲政后也办了些事，如在西苑紫光阁会见日本国大使副岛种臣、俄国大使倭良嘎里、美国大使镂斐迪、英国大使威妥玛、法国大使热福理、荷兰国大使费果荪，并接受他们呈递国书。同治亲政只有一年多的时间，他亲自主持经办的一件大事就是重修圆明园。
慈禧退帘后，想到宫外游冶愉悦，回忆起当年的圆明园生活，她懿旨重修圆明园。这是重大的工程，至少要花几千万两白银。九月，同治帝发布上谕：兴修圆明园以为两宫太后居住和皇帝听政之所，让王公以下京内外大小辟员量力捐修。恭亲王不好完全拒绝，报效银2万两，指令户部先拨银2万两。拨款之后，朝廷震动。接着百官疏奏，反对重修圆明园。御史沈淮疏请缓修圆明园工程。同治览奏大怒，立即召见沈淮，严词申责。接着御史游百川再上疏谏阻，同治又下谕将游百川革职。经过一段准备，十三年（1874年）正月，圆明园重修工程正大光明殿、天地一家春（原慈禧住处）等处先后开工。四月，同治视察圆明园，慈禧亲自看取图样，应修殿宇不下3000余间。七月初六日，发生广东商人李光昭自称“圆明园李监督”，借购修园木料诈骗白银30万两的事件，引起朝臣反对。同治帝仍不同治帝绘《祝万年图》理睬，继续其工程。七月十八日，恭亲王奕訢、大学士文祥等十人（三位亲王郡王、三位御前大臣、三位军机大臣、一位师傅）联衔疏奏，请停止圆明园工程：“宜培养元气，以固根本；不应虚糜帑糈(xǔ)，为此不急之务。”同治帝与十重臣几番面对面地辩论，他明知错误，仍不悔改。当大家一再反对时，同治帝准备发上谕，以十大臣“朋比为一奸一，谋为不轨”的罪名，宣布将十大臣革职。两宫太后见事情闹大，只好出面调解。据吴汝纶日记载：召见时“两宫垂涕于上，皇上长跪于下。谓十年以来，无恭邸何以有今日？皇上少未更事，昨谕著即撤销云云”。其结果是：革十大臣职的上谕没有发布，重修圆明园改为修葺三海。在奕訢等谏阻下，同治说：“我停工何如！尔等尚何哓舌！”二十九日，停止圆明园工程。重修圆明园工程是慈禧的懿旨，奕訢等的谏阻，触怒了慈禧。三十日，同治帝上谕：“著革去亲王世袭罔替，降为郡王。”此次补盖、添建、粘修、揭瓦后基本成型的殿阁亭榭等100座500间。八月初一日，同治发出上谕：“朕奉慈安端裕康庆皇太后、慈禧端佑康颐皇太后懿旨：皇帝昨经降旨，将恭亲王革去亲王世爵罔替，降为郡王，……著加恩赏还亲王世爵罔替”云云。谕修葺西苑三海工程。
十二月，同治帝死于养心殿。他的死因，是个疑案。
同治6岁到14岁期间，每天应景做皇帝，到养心殿摆样子，两宫皇太后垂帘听政。他还要一抽一出半天时间，到弘德殿读书。同治从小没有得到严父的教育，母后皇太后与圣母皇太后都没有文化，不得教育皇子读书的要领。她们常在重华宫潄芳斋办事、传膳、听戏，没有给同治以文化的熏陶。同治贪玩，不一爱一读书，“见书即怕”，不好学习，没有长进。他的师傅教他学习看奏折，但他“一精一神极散”；听讲奏折，也极不用心。他的伴读奕详、奕询，本意在陪同读书、互相激励、彼此切磋，实际上往往代其受过，起到“杀鸡吓猴”的作用。在课堂上，“无一精一神则倦，有一精一神则嬉笑”，实在是一个顽皮的学生。同治到十七八岁的时候，“折奏未能读”，连“在内背《大学》皆不能熟”。
同治皇帝就其个人来说，出生在帝王之家，享受着“普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣”的独尊荣光，过着“钟鸣鼎食”的生活，没有兄弟竞争便顺利地登上皇帝宝座，这是他人生的喜剧。但是，同治也有人生的悲剧——他短暂的19年就有六大不幸：幼年丧父是为第一大不幸！童年担当社稷重任而不能享受正常童真快乐是为第二大不幸！同圣母皇太后关系不好是为第三大不幸！婚姻不如意是为第四大不幸！无子无女是为第五大不幸！19岁便早亡是为第六大不幸！下面简单说一下他的后妃。
同治有一后三妃，其中皇后的人选：慈安皇太后喜欢侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏，慈禧皇太后则喜欢员外郎凤秀的女儿富察氏。两宫太后，意见不一，要同治自选。同治选定蒙古正蓝旗崇绮的女儿阿鲁特氏。于是奉两宫皇太后懿旨，同治十一年（1872年）九月，册立阿鲁特氏为皇后，同治17岁，皇后19岁。又册富察氏为慧妃。
皇后的祖父为大学士、军机大臣赛尚阿，外祖父是郑亲王端华。皇后的父亲崇绮，是有清一代惟一的“蒙古状元”，是有清一代满洲、蒙古以汉文获翰林院编修的第一人。满蒙士林，以其为荣。同治九年（1870年），选侍讲，后充日讲起居注官，再调盛京将军。义和一团一事起，崇绮同朝廷勋贵多人信仰，事败之后，随荣禄走保定，住居莲池书院，自缢而死。崇绮妻，瓜尔佳氏，在京师陷落时，阖门死难。《清史稿·崇绮传附崇绮妻传》记载：“崇绮妻，瓜尔佳氏，先于京师陷时，预掘深坑，率子、散秩大臣葆初及孙员外郎廉定，笔帖式廉容、廉密，监生廉宏，分别男一女，入坑坐瘗，阖门死难。”
皇后出身于官宦名门、诗书大家，自幼习书达礼，一性一格耿爽，不善阿谀。据记载，皇后阿鲁特氏“雍容端雅”，“美而有德”，且文才好。皇后幼年在家，崇绮亲自授课，读书聪颖，十行俱下，“后幼读书，知大义，端静婉肃，内外称贤。及正位六宫，每闻谏阻，自奉俭约，时手一编”。她被册为皇后，同治帝很喜一爱一她，也很敬重她，据说不久怀有身孕。慈禧皇太后不喜欢这个皇后儿媳妇，常找碴儿难为这位小皇后。慈禧不许她与同治皇帝同房，而要同治对慧妃好。同治帝不敢违抗，但他不喜欢慧妃，只好赌气独宿养心殿，生活寂寞寡欢。因为慈禧处处刁难，皇后日子过得很不舒心。同治病重，皇后护侍，也遭到慈禧的诃责。《我的前半生》记载：同治病重，皇后前去养心殿探视，二人说了些私房话，被慈禧皇太后知道。慈禧怒不可遏，闯入暖阁，“牵后发以出，且痛抶之”，并叫来太监备大杖伺候。据说皇后情急之下说了句：“媳妇是从大清门抬进来的，请太后留媳妇的体面！”慈禧一直以侧居西宫为遗憾，也为咸丰临终前没有册封自己为皇后而不满。慈禧动怒，同治被吓晕，病情加重。慈禧见状，才未对皇后动刑。
同治之死，慈禧将责任栽到皇后头上。皇后阿鲁特氏见同治皇帝死，大恸大悲，不思饮食，吞金自一杀，获救得生。皇后之父崇绮，奏告慈禧皇太后。皇太后回答：“可随大行皇帝去罢！”皇帝死了，尚未入葬，称大行皇帝，就是说可以随夫殉死。崇绮将此话告诉女儿。而且慈禧不为同治立嗣，却让同治堂弟兼姨表弟载湉继承皇位，实际上是不为皇后留余地。皇后只有自尽一条路可走。光绪元年（1875年）二月，同治帝死后75天，皇后阿鲁特氏“遽尔崩逝”，年二十二。野史或谓：皇后阿鲁特氏怀孕，慈禧恐其生男孩，将来缵承大统，自己不能垂帘听政，故一逼一其死。
同治生活放纵，同家庭关系不和谐有关。据说：同治既近女色，或著微服冶游。有人给他进“小说一婬一词，秘戏图册，帝益沉迷”。他常到崇文门外的酒肆、戏馆、花巷。野史记载：“伶人小六如、春眉，娼小凤辈，皆邀幸。”又记载同治一宠一幸太监杜之锡及其姐：“有奄杜之锡者，状若少女，帝幸之。之锡有姊，固金鱼池娼也。更引帝与之狎。由是溺于色，渐致忘返。”据记载：醇亲王奕譞曾经泣谏其微服出行，同治质问从哪里听来的？醇亲王怫然语塞。又召恭亲王奕訢，问微行一事是听何人所言？答：“臣子载澂。”同治微行，沸沸扬扬，既不能轻信说其有，也不能断然说其无！
同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩于皇宫养心殿。同治之死，传说颇多，主要有死于天花、死于梅毒、死于天花和梅毒三说。
主同治死于天花说。主要是根据历史档案和翁同龢日记。翁的日记记载：同治于十月“二十一日，西苑着凉，今日（三十日）发疹”。十一月初二日，“闻传蟒袍补褂，圣躬有天花之喜”。又记载：“昨日治疹，申刻，始定天花也。”初九日，召见御前大臣时，“气色皆盛，头面皆灌浆泡饱满”。上谕云：“朕于本月遇有天花之喜，经惇亲王等合词吁请静心调摄”云云。经学者研究清宫历史医案《万岁爷进药用一药底簿》后认为：同治帝系患天花而死。在同治得了天花以后，太医公布病情与药方，宣布同治之病为“天花之喜”。慈禧太后暨文武大臣对同治之病，不是积极地寻求新医药和新疗法，而是依照祖上传下的规矩，在宫内外进行“供送痘神”的活动，敬请“痘神一娘一娘一”入皇宫养心殿供奉。宫内张挂驱邪红联，王公大臣们身穿花衣，按照“前三后四”的说法，要穿7天花衣。同治的“花衣期”延长为“前五后七”，就是可望12天度过危险期。慈禧、慈安两宫太后，还亲自到景山寿皇殿行礼，祈求祖先神灵赐福。内务府行文礼部，诸天众圣，皆加封赏。一身疮痍的同治，在皇宫求神祭祖的喧嚣中离开了人世。他死在养心殿，这里恰是他的祖先顺治被天花夺去一性一命的寝殿。《崇陵传信录》记载：“惠陵上仙，实系患痘，外传花柳毒者非也！”近年专家们发现了御医给同治看病的《脉案》。医学史专家对相关档案进行了认真分析，结论是：同治皇帝死于天花。
同治皇帝的惠陵主同治死于梅毒说。也主要是根据历史档案和翁同龢日记。野史中也有载述，《清宫遗闻》记载，同治到私娼处，致染梅毒。翁同龢日记云：十一月二十三日，“晤太医李竹轩、庄某于内务府坐处，据云：脉息皆弱而无力，腰间肿处，两孔皆流脓，亦流腥水，而根盘甚大，渐流向背，外溃则口甚大，内溃则不可言，意甚为难。”二十八日又记：太医云：“腰间溃如椀，其口在边上，揭膏药则汁如箭激，丑刻如此，卯刻复揭，又流半盅。”二十九日再记：见“御医为他揭膏药挤脓，脓已半盅，色白而气腥，漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈铭日记也记载：“上旋患痈，项腹皆一，皆脓溃。”但他又说：“宫廷隔绝，其事莫能详也。”
但清宫史专家指出，清朝的典章制度是非常严格的，皇帝私自从紫禁城里出去寻花问柳，是没有什么可能一性一的。另一种意见却认为，同治重修圆明园计划遭百官反对而失败后，百般无聊，便在太监引导下，微服出宫，寻一欢取乐。时外国人可能已知同治帝之病，如美国公使给本国政一府的报告说，“同治皇帝病若以西医及科学方法诊治，决无不可医治之理，决非不治之症。”然而，同治帝是一国之君，太医开方要经过严审，出于为君者讳，是不能公布病症实情，也不能按病开方，下药不对症，医治无疗效。
主同治死于天花梅毒说。也主要是根据历史档案与文献资料推断。御医诊断同治的症状是：湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水，腿痛盘挛，头颈、胳膊、膝上发出痘痈肿痛。这种看法是：同治或先患天花未愈而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，两种疾病并发，医治无效而死。
民间对于同治皇帝死因有种种说法，清朝官方则保持沉默，不予申辩。因此，同治到底是死于什么病，成了一个历史疑案。
同治死后，慈安皇太后、慈禧皇太后急召惇亲王奕、恭亲王奕訢、醇亲王奕譞，孚郡王奕譓、惠郡王奕详，贝勒载治、载澂、公奕谟，御前大臣伯彦讷谟祜、奕劻、景寿，军机大臣宝鋆、沈桂芬、李鸿藻，内务府大臣英桂、崇纶、魁龄、荣禄、明善、贵宝、文锡，直弘德殿徐桐、翁同龢、王庆祺，南书房黄钰、潘祖荫、孙诒经、徐郙、张家骧入，奉懿旨，以醇亲王之子载湉——既是同治的堂弟，又是同治的姨表弟，入继文宗（咸丰），为嗣皇帝。
《清史稿·穆宗本纪》论曰：“冲龄即祚，母后垂帘。国运中兴，十年之间，盗贼刬(chǎn)平，中外乂安。非夫宫府一体，将相协和，何以臻兹!”同治年间，机遇难得：内处“太平军”与“义和一团一”两大社会动荡之间，外处英法联军与八国联军两次入侵之间。太后垂帘，亲王议政，宫府一体，尚能协和，推行新政，有一定成效。
同治寿短病笔，载湉入继大统，就是光绪皇帝。
载淳个人小档案
姓名：一爱一新觉罗·载淳
出生：咸丰六年（1856年）三月二十三日
属相：龙卒年：同治十三年(1874年)
享年：19岁
谥号：毅皇帝
庙号：穆宗
陵寝：惠陵（清东陵）
父亲：奕詝（咸丰）
母亲：叶赫那拉氏，后尊为孝钦显皇后
初婚：16岁结婚，配偶阿鲁特氏，配偶：5人，皇后阿鲁特氏
子女：无
继位人：载湉（光绪）
最得意：兴办维新诸事
最失意：父亲早故
最不幸：身后皇后自尽
最痛心：无子女
最擅长：戏耍