孔子说：“不是嘛！君子最怕自己死后不能流芳百世。我的主张不能实行，我一靠什么给后人留下好名声呢？”于是，他根据鲁国的史记创作了《春秋》一书。此书上起鲁隐公，下至鲁哀公十四年，记载了鲁国的十二位国君在位时期的历史。它以鲁国为中心进行记述，尊奉周王室为正统，借鉴了殷代的旧制度，上推而继承了三代的法统，文辞简约而意旨广博。吴、楚的国君自称为王，《春秋》贬称其为子爵；践土会盟，实际上是晋国国君召周王去的，而《春秋》对此则避讳说：“周王到河一陽一巡狩。”依此类推，《春秋》一书以此为准绳，褒贬当时的人和事。后代国君中有的对此书加以倡导、推广，使其蕴涵的义法通行，那样，天下的乱臣贼子就会感到恐惧了。
孔子任职期间，审理诉讼案件，如果文辞上存在可以和别人商议的地方，他就决不独自决断。至于《春秋》的写作，孔子该写的一定写，应删的一定会删去，甚至连子夏这些长于文字的弟子，都不能对《春秋》增删一个字。孔子对学习《春秋》的弟子们说：“后人知道我孔丘，是因为《春秋》这部书，而要是怪罪我也是因为该书。”
一年以后，子路死在卫国。孔子也病了，子贡来探望他。而孔子正拄着拐杖在家门口悠闲的散步，他看见子贡，问他说：“赐，你为什么来的这么晚啊？”随即，孔子叹息，唱起了哀怨的歌曲：“泰山要倒塌了！梁柱要折断了！哲人要凋谢了！”同时，孔子落下了伤心的眼泪。他又对子贡说：“天下失去常道已经很久了，没有人能遵循我的主张。夏代人死了，棺木停放在东台阶，周代人死了，棺木停放在西台阶，殷代人死了，棺木停放在厅堂的两根柱子中间。昨晚，我梦见自己坐在厅堂的两根柱子中间，接受他人的祭奠。我原本就是殷人啊。”七天以后，孔圣人去世，享年七十三岁。
圣人身后
孔子去世以后，鲁哀公致悼词说：“老天爷不仁慈，不肯留下这位老人，丢下我一个人在位，我既孤独又伤痛。啊！多么悲痛！尼父，我顾不得用礼法约束自己了！”子贡听到这个悼词以后，反驳说：“鲁国国君难道不会终老于鲁国吗？先生曾经说过：‘礼法丧失就会昏乱，名分丧失就会出现过失。意志丧失就会昏乱，失去所宜就会出现过失。’先生生前，鲁国国君不能重用他；去世以后，鲁国国君写祭文来哀悼他。这是不符合礼法的。他以诸侯的身份而自称‘我一个人’，这是不符合名分的。”
孔子去世以后，被葬在鲁城以北的泗水岸边，弟子们服丧三年。三年丧期完毕，大家相对哭泣、各又尽哀，大部分人告别离去，有的却留在了鲁城。只有子贡在孔子的墓旁搭了一间小屋，守墓共达六年，然后才离去。后来，孔子的弟子与其他的鲁国人前往孔子墓地居住，逐渐达到了百余家。因此，这里后来被命名为孔里。鲁国人世代相传，每年都按时到孔子的墓前祭拜，而儒生们也在那里讲习礼仪，举行乡饮、射礼等活动。孔子的墓地有一顷面积。孔子故居的堂屋以及弟子们居住的内室，后来就改建成了孔庙，收藏孔子生前使用过的衣冠、琴瑟、车辆、书籍等物品，这种传统被一直延续下去。汉代的时候，高皇帝刘邦经过鲁地，用太牢的礼仪祭祀孔子。而鲁地的诸侯、卿相一到任，常常先是到孔子墓地去拜谒，然后才开始处理政务。
孔子生下了孔鲤，孔鲤先于孔子去世。孔鲤生下了子思，子思曾经创作了《中庸》。其他的孔氏后人中，比较著名的有孔付，他曾经做过汉惠帝的博士，后来被提升为长沙太守，身高达到了九尺六寸。孔安国是汉武帝时期的博士，官至临淮太守，但是短寿早死。