献公对两位公子的不辞而别十分恼怒，认为他们果真有谋反的意图，便发兵进行讨伐。他首先攻打蒲邑，由于献公的军队人数众多，蒲邑很快就陷入了重重保卫之中。蒲邑人宦官寺人披催促重耳赶快自一杀谢罪。重耳没有这么做，而是越墙逃跑了。寺人披紧追不舍，情急之下砍断了重耳的衣袖。重耳巧妙地穿过晋军的包围圈，最终逃到了翟国，依靠了他的母家人。此后，献公又派兵讨伐屈邑，夷吾率领屈邑人坚守抵抗，晋军最终也没能攻下屈邑。
几年以后，献公派遣大夫贾华率军再次讨伐屈邑，由于晋军实力过于强大，屈邑最终失守。夷吾无处安身，便也打算逃往翟国去找重耳。他的随从冀芮说：“公子您不能这样做啊，重耳已经在那里了。现在您如果再前去，晋国一定会兴兵讨伐翟国。翟国害怕晋国，到时灾祸必然会降临在您的头上。您不如逃往梁国。梁国靠近秦国，秦国势力强大。献公去世后，您就可以请求秦国帮助自己回国继位。”夷吾听从了他的建议，于是逃到了梁国。两年以后，为了获取重耳，晋国出兵讨伐翟国。翟国国君因为与重耳有亲戚关系，便出兵攻打晋国的啮桑，晋军只好停止讨伐而回国。此后，随着献公的年纪一天天增大，便渐渐地淡忘了过去的嫌隙，再也没有追究重耳和夷吾。
借道伐虞
献公二十二年，晋国再次向虞国借道来讨伐虢国。虞国的大夫宫之奇劝谏虞国国君说：“大王，您千万不能把道路借给晋国，如果那样做我国就要面临灭顶之灾。”虞君说：“一爱一卿你多虑了，晋国国君与我是同姓，怎么会讨伐我呢？”宫之奇见他不听，便具体解释道：“太伯和虞仲，都是太一王的儿子。太伯逃走了，因此没有继承君位。虢仲、虢叔，都是王季的儿子、文王的卿士，他们功勋卓著，这些都收藏在保存盟书的府库里。晋君与虞君、虢君都是同姓，而且细究起来，他与虢君的亲缘关系比虞国更近，现在晋国既然连虢国都想灭掉，又怎么会一爱一惜虞国呢？难道虞国与晋国的关系，能比桓叔、庄伯与晋君的关系更密切吗？桓叔、庄伯的家族有什么罪，献公把他们全部灭绝了。可见虢国和虞国的关系，就好比嘴唇与牙齿一样，嘴唇没有了，牙齿也就失去了依靠，不会安然无恙地存活了！”
虞公没有听从宫之奇的话，最终还是答应了晋国的请求。宫之奇知道虞国早晚会被晋国灭亡，为了避免灾祸，他便率领自己的家族离开了虞国。这年冬天，晋国灭亡了虢国，虢公丑被迫逃到了周京。晋军得胜归来，军心高涨，在班师回国的路上，又顺便袭灭了虞国，俘虏了虞公和他的大夫井伯、百里奚。献公把他们作为自己女儿的陪嫁，送到了秦国。他还派专人主持虞国境内山川之神的祭祀。大臣荀息把此前用来贿赂虞公的屈地出产的名马牵了回来，奉还给献公。献公笑着说：“马还是我的马，就是齿龄老啦！”虞公不听从宫之奇的劝告，最终做了亡国之君。
荀息的誓言
一年多以后，献公得病了，而且病得很重，他担心自己死后国家会发生动乱，就对大臣荀息说：“我的时日已经不多了，我想要立奚奇为太子，但是他太年纪太小，我担心诸位大臣不服从而造成国家的内乱。您能够拥护他吗？”荀息流着泪回答说：“大王，您放心吧，我一定会尽心尽力地辅佐奚奇，决不会辜负您的厚望！”于是献公将奚奇托付给荀息，并任命他为丞相，主持国家的政事。
献公去世以后，晋国的大臣里克、呸郑想迎接重耳回国继位。他们要暗中利用申生、重耳、夷吾三位公子在国内的一党一羽进行作乱，便对荀息说：“奚奇的三个冤家将要发难，他们外有秦国的帮助，内有国人的支持，您将怎么去应对啊？”荀息回答说：“无论如何，我是不会辜负先君的重托的。”
几天之后，里克派人在为献公守丧的地方杀死了奚奇。这时献公还没有下葬。荀息感到自己辜负了献公的嘱托，于是想要自一杀来谢罪。但是有人建议他说：“你死了又有什么用呢？又有什么脸面去见先君，还不如拥立奚奇的弟弟悼子为王，然后继续辅佐他。这样还可以使先君的心得到少许安慰。”荀息听从了这个人的建议，就拥立悼子做了国君。一个月以后，在上朝的时候，里克派人将悼子连同荀息一起杀死了。君子们听说了荀息的事迹，赞叹道：“《诗经》里所说的‘白圭上的斑点还可以磨去；话说错了是不可以挽救的呀’。这话好像说的就是荀息啊！他没有违背自己的誓言。”