王恭，字孝伯，为光禄大夫王蕴的儿子，定皇后的兄长。少负美誉，清高过人。以门第高贵才能超拔而自负，常有做辅弼大臣的愿望。与王忱齐名且有深交，仰慕刘忄炎的为人处世。谢安常说：“凭王恭的才品和门第，将来可以做一方诸侯。”曾经随同其父从会稽来到京都，王忱拜访他们父子，看见王恭坐着六尺长的竹席，王忱以为他肯定还有这种竹席，就向他索取。王恭即刻把这张竹席送给了他。以后自己则坐草席。王忱听说后大为惊讶。王恭说：“我平生没有多余之物。”王恭就是如此简朴直率。
王恭最初拜官为佐著作郎。叹道：“做官不做宰相，才志何足以施展！”于是以疾病为由辞谢不就。不久拜为秘书丞。转任中书郎，未就职，适逢父丧守孝。丧期满，拜为吏部郎，封建威将军。太元年间(376～396)，代替沈嘉任丹扬尹，迁中书令，兼太子詹事。
孝武帝因为王恭是定皇后的兄长，所以十分敬重他。当时陈郡人袁悦之以奸巧狡诈侍奉会稽王司马道子，王恭将此情况告诉了孝武帝，因此孝武帝诛杀了袁悦之。司马道子曾会集朝中士大夫，在丞相府里置办酒席，尚书令谢石因酒醉而唱里巷之歌，王恭正色道：“身为尚书省长官，留止诸侯王的府第，而大唱淫声，何以让朝廷百官效法！”谢石十分恼恨他。淮陵内史虞珧的儿媳裴氏有道家服食之术。常穿黄色衣着，状如天师，司马道子非常喜欢她，让她同宾客们一起谈论，当时人们都为她降节礼敬。王恭高声说：“不曾听说宰相座中有行为不端的妇人。”座中宾客莫不感到坐立不安。司马道子十分羞愧。其后孝武帝打算提拔当时有威信声望者为藩国长官，便任命王恭为都督兖青冀幽并徐州晋陵诸军事、平北将军、兖青二州刺史、假节，镇守京口。以前，都督以“北”字为号的多有不祥，因此桓冲、王坦之、刁彝一类人不接受镇北的称号。王恭上表辞让将军封号，以超常格受职为推托之辞，而实则是讨厌这一名号，于是朝廷改号前将军。慕容垂入侵青州，王恭派遣偏师抵抗慕容垂，失利，朝廷降号为辅国将军。
及至孝武帝驾崩，会稽王司马道子执掌朝政。宠信亲近王国宝，把大权交托给他。王恭常正色直言，司马道子很害怕王恭，也因此十分怨恨王恭。王恭前往皇陵祭拜孝武帝，完毕，叹道：“栋梁都还是新的，可已见亡国的征兆了。”当时王国宝的堂弟王绪劝说王国宝，乘王恭拜见丞相会稽王之机，埋伏士兵杀掉他。王国宝不许。司马道子也想使内外大臣和睦相处，对王恭推心置腹，希望彼此之间消除旧怨。王恭多不顺从，每每谈及时政，就义正辞严，声色俱厉。司马道子知道与王恭之间不可调和，便实施王绪的行刺之计，于是开始埋下国难的祸根。有人劝说王恭乘上朝之机率兵诛杀王国宝，但庾楷与王国宝同党，其兵强马壮，王恭担心庾楷作对，不敢先发制人，便决定返回镇所。临别京城时，对司马道子说：“天子居丧期间，执政宰相的重任，即使是伊尹、周公那样的贤人也感到难以胜任，愿大王亲理万机，采纳忠言，远离邪声，放逐奸佞小人。”辞色十分严厉，因此王国宝等越加惧怕。朝廷任命王恭为安北将军，王恭不受。于是王恭谋划诛杀王国宝，派使者与殷仲堪、桓玄联络，殷仲堪假意应承。王恭得到回书后，大喜。便上书京师，直言道：“后将军王国宝，凭婚姻连带关系多次身居要职，却不能感谢皇恩思图效忠，以报答时世，而竟邀宠逞威，独断专行，将危及国家社稷。先帝升天之日，王国宝连夜私自进宫，准备篡改遗诏，幸赖皇后聪慧机智，丞相会稽王英明威武。所以其阴谋并未得逞。又将东宫现有卫队并入自家府中，谗嫉自己的兄弟如同对待仇敌一样。与其堂弟王绪结党营私，凶狠狡诈，狼狈为奸，扰乱朝廷。此不忠不义之行已昭然若揭。以愚臣之忠诚，必将亡身殉国，因此王国宝等陷害愚臣非止一端。幸赖先帝明察，不听谗言。从前赵鞅兴兵，诛杀国君身边的奸恶之徒。愚臣虽然低下无能，但怎敢忘却这样的大义！”疏表传至京师，内外戒严。王国宝及王绪惶惶不知所措，采用王王旬之计，请求解除职务。司马道子逮捕王国宝，赐他自尽，斩王绪于街市。为自己所犯过失向朝廷谢罪，王恭因此便退兵返回京口。
王恭开始直言上表，担心起事不能获胜。便任命前司徒左长史王貵为吴国内史，命令他在东部起兵。王国宝一死，王恭又命令王貵解散义兵卸去职务。王貵恼怒，率兵讨伐王恭。王恭派刘牢之剿灭了王貵，并上疏朝廷请求贬职，诏令不许。谯王司马尚之劝说司马道子，认为诸侯藩镇强盛，宰相权势就会削弱，应多树立亲信以巩固自身。司马道子认为司马尚之的建议有道理，便任命其司马王愉为江州刺史，分割庾楷管辖之下的豫州四郡交给王愉统辖。由此引起庾楷的愤怒，庾楷派儿子庾鸿劝说王恭道：“司马尚之兄弟专弄权术，想借朝廷圣威削弱诸侯势力，如不以王国宝的前事为警戒，其形势后果将难以预测。乘其阴谋未成，宜早考虑对付他们。”王恭以为有理，又将自己的意图决策转告殷仲堪、桓玄。桓玄等依从王恭，共推王恭为盟主，约定日期一同奔赴京师。
当时内外不和，消息阻滞不通，河流渡口巡逻盘查甚严，殷仲堪的信札通过庾楷传送王恭，用斜绢作书，藏入竹箭里，合上箭头涂上油漆，庾楷送交给王恭手中。王恭打开书信，绢上文字古怪，不可辨识，以为庾楷有诈。又料想殷仲堪去年已未赴约，现在同样无兴兵之理，于是王恭决定提前起兵。属下司马刘牢之劝谏说：“将军现在身为一方诸侯，满怀忠贞报国之志节，丞相会稽王可比周公之尊贵，极负声望。去年已杀王国宝、王绪，送交王貵的密书，这是真心佩服敬重将军。近来所作所为，虽然不都公正合理，但并不算大过失。分割庾楷的四郡交付给王愉，对于将军有什么损害呢！举兵反朝，怎可兴第二次呢？”王恭不听从，便上表朝廷以讨伐王愉、司马尚之兄弟为说辞。朝廷派司马元显及王王旬、谢琰等抵抗王恭。
王恭晚上梦见刘牢之坐在他的位置上，早晨起来对刘牢之说：“此事获胜，就让你做北府军统帅。”派刘牢之率帐下督颜延先占据竹里。司马元显派人游说刘牢之，以重利利诱他，刘牢之便斩杀颜延投降于朝廷。这一天，刘牢之派其女婿高雅之、儿子刘敬宣，乘王恭阅兵之际，率精锐骑兵攻击王恭。王恭败北，准备返回，高雅之已关闭城门。王恭便同其弟王履只身单骑奔向曲阿。王恭许久没有骑马，以致大腿磨破生疮，无法再行走。曲阿人殷确，是王恭从前的参军，用船运载王恭，将他藏在芦苇席之下，准备投奔桓玄。到长塘湖，遇见商人钱强，钱强早先与殷确有怨，便将这一秘密告诉了湖浦尉。湖浦尉逮捕了王恭，确并将他押送京师。司马道子闻知王恭将被送到，打算出来与他交谈，当面斥责其过失，而不打算杀他。当时桓玄等人率部已达石头城，司马道子担心有变，便在建康的倪塘将王恭斩首。王恭的五个儿子及其弟王爽、王爽的侄儿秘书郎王和及其亲信孟璞、张恪等皆被处死。
王恭个性坦率耿直，深怀大义，富有气节。读《左传》至“奉王命讨不庭”处，常为之释卷而感叹。其为人度量不宽广，不善随机应变。自统领北府兵，虽然以简易仁爱治政，但高自尊贵，与部下隔阂很大。不熟悉用兵之道，尤其笃信佛教，驱使百姓，修建佛寺，务求壮丽，士人百姓怨声载道。临受刑时，还吟诵佛经，自己理顺胡须鬓发，毫无惧色，对监刑者说：“我王恭愚昧无知，过于相信他人，以致有今日败局，但我的内心，岂是不忠于国家社稷！百代之后人们是知道我王恭这个人的。”死后家无钱财布帛，惟有书籍而已。为有见识者所感伤。
王恭姿容仪态美丽，人多爱慕，有人注视王恭称赞说：“濯濯如同三春月下柳。”曾身披鹤氅裘，在雪中跋涉，孟昶窥见雪中行走的王恭，惊叹道：“这真是神仙中人啊！”最初被抓，遇见从前的同僚戴耆之为湖孰县令，王恭私下告诉戴耆之说：“我有个庶子未被盘查出来，藏在乳母家中。请你帮我送到桓南郡家寄养。”戴耆之便将王恭庶子送到夏口，桓玄代为抚养，并为庶子设立丧庭让他祭吊王恭。及至桓玄执政，上表朝廷为王恭辩护申冤，朝廷下诏追赠王恭为侍中、太保，谥号为忠简。追赠王爽为太常，王和及儿子王简皆为通直散骑侍郎。殷确为散骑侍郎。腰斩湖浦尉及商人钱强等。王恭庶子王昙亨，义熙年间(405～418)任给事中。