明皇帝名绍，字道畿，是元帝的长子。幼年聪明，受到元帝特殊的宠爱。年方数岁时，元帝闲坐，将他放置在膝前，正遇长安使者来，因问明帝说：“你说日与长安哪个远？”明帝回答说：“长安近，不曾听说过人从日边来，由此可以知道了。”元帝觉得奇异。第二天，群臣宴会时又问他这个问题，回答说：“日近。”元帝脸色一变说：“怎么和昨天说的不同呢？”明帝回答说：“抬头就望见日，但却望不见长安。”由此元帝更觉得他是个奇童。
建兴初年(313)，拜为东中郎将，镇守广陵。元帝为晋王，立为晋王太子。元帝即皇帝位，立为皇太子。性情极孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻，当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见也不能使明帝屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于明帝。王敦之乱时，王室六军溃败，明帝欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发，中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。王敦平素认为明帝神武有明略，为朝野人氏所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官，当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。永昌元年(322)闰月初十，元帝死。十一日，太子即皇帝位，实行大赦，尊生母荀氏为建安郡君。
太宁元年(323)春正月十五日，黄雾弥漫，京师发生火灾。李雄使其将李骧、任回侵扰台登，将军司马玖战死。越..太守李钊、汉嘉太守王载反叛，献郡投降李骧。
二月，将元帝安葬在建平陵，明帝徒步赤脚来到陵所。以特进华恒为骠骑将军、都督石头城水陆军事。十七日，黄雾弥漫。十八日，降霜。二十四日，又降霜，冻坏谷苗。
三月初一，改年号，在殿前会见大臣，停止飨宴之礼，乐器悬而不奏。初九，又降霜，冻死春草。饶安、东光、安陵三县发生大火，烧毁七千余家，烧死一万五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退守盱眙。王敦献皇帝信玺一枚。王敦阴谋篡位，暗示朝廷将自己召回京师，明帝亲手写诏书召王敦。
夏四月，王敦率军驻扎在于湖，让司空王导转为司徒，自己兼扬州牧。巴东监军柳纯被王敦杀害。以尚书陈纁为都督幽平二州诸军事、幽州刺史。
五月，京师发大水。李骧等侵犯宁州，宁州刺史王逊派遣部将姚岳在堂狼迎战，大破李骧军。梁硕攻陷交州，交州刺史王谅战死。
六月初六，立庾氏为皇后。平南将军陶侃派遣参军高宝攻梁硕，斩了梁硕，首级传到京师。陶侃进位为征南大将军、开府仪同三司。
秋七月初一，雷击太极殿柱。本月，刘曜在陇城攻击陈安并把他消灭。
八月，以安北将军郗鉴为尚书令。石勒部将石季龙攻陷青州，刺史曹嶷被害。
冬十一月，王敦以其兄征南大将军王含为征东大将军、都督扬州江西诸军事。因军队缺粮，向刺史以下地方官征调粮米。
二年春正月初五，明帝临朝，停止飨宴之礼，乐器悬而不奏。初八，赦免五年以下的罪犯。玩妖术的人李脱编造妖书迷惑群众，被斩于建康街市。石勒部将侵犯兖州，刺史刘遐从彭城退守泗口。
三月，刘曜部将康平侵犯魏兴，到达南阳。
夏五月，王敦假借皇帝诏命，将其子王应拜为武卫将军，其兄王含拜为骠骑大将军。明帝所亲信的常从督公乘雄、冉曾都被王敦杀害。
六月，王敦将举兵向京师进发，明帝暗地探得这个消息，于是骑着巴滇骏马微服出行，到王敦驻地于湖，暗地观察王敦营垒，然后离开。有个士兵怀疑明帝不是平常人。这天王敦白天睡觉，梦见太阳绕其城，受惊而起，说：“这必定是黄胡须的鲜卑奴来了。”明帝的母亲荀氏是燕代人，明帝状貌类似外族人，胡须黄色，所以王敦这样说。于是王敦派五个骑兵去寻找追赶明帝。明帝也策马奔驰而去，马拉粪时，就浇上冷水。遇到旅舍卖饭的老妇，送给她一把七宝鞭，对她说：“后面有骑兵来，可把此鞭给他们看。”过了片刻，追骑来到旅舍，问老妇，老妇说：“人已经走远了。”并把七宝鞭拿出来给他们看。五个士兵传递着玩赏，停留了很久。又见马粪是冷的，认为确实已走远了，便停止追赶。明帝因此得以脱身。
二十七日，司徒王导加大都督、假节，领扬州刺史，以丹杨尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头城，以光录勋应詹为护军将军、假节，督朱雀桥南诸军事，以尚书郗鉴行卫将军，都督从驾诸军事，以中书监庾亮领左卫将军，以尚书卞壶行中军将军。征召平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兖州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还朝护卫京师。明帝驻于中堂。
秋七月初一，王敦派遣其兄王含及钱凤、周抚、邓岳等率水陆五万人马，到达南岸。温峤移军屯水北，烧毁朱雀桥以挫其锋。明帝亲率六军，驻扎在南皇堂。初二夜晚，招募壮士，派遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、钟寅等甲士千人渡水，趁叛军扎营未毕时进行突袭。黎明，在越城接战，大破贼军，斩贼军前锋将何康。王敦气愤而死。前任宗正虞潭在会稽兴义师反王敦。沈充率万余人与王含等会合，初九，在陵口筑垒。十六日，刘遐、苏峻等率精兵一万人到达京师，明帝连夜接见慰劳他们，赏赐将士各有差等。义兴人周蹇杀了王敦所任命的太守刘芳，平西将军祖约将王敦任命的淮南太守任台驱逐出寿春。二十四日，贼军渡水来攻，护军将军应詹率领建威将军赵胤等拒战，未能取胜。贼军到达宣阳门，北中郎将刘遐、苏峻等从南塘横向截击，大破贼军。刘遐又在青溪击破沈充。二十五日，贼军烧毁营垒连夜逃走。
二十六日，明帝回宫，实行大赦，惟不赦王敦党徒。于是分别派遣诸将追剿王敦党羽残余势力，将其全部平息。封司徒王导为始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹；丹杨尹温峤为建宁县公，尚书卞壶为建兴县公，中书监庾亮为永昌县公，北中郎将刘遐为泉陵县公，奋武将军苏峻为邵陵县公，食邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴为高平县侯，护军将军应詹为观阳县侯，食邑各一千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤为湘南县侯，右将军卞敦为益阳县侯，食邑各一千六百户，绢各三千二百匹。其余将士封赏各有差等。
冬十月，以司徒王导为太保，兼领司徒，太宰、西阳王司马..兼领太尉，应詹为平南将军、都督江州都军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。下诏申明，对王敦叛乱的胁从者一律不再追究。此时，石勒部将石生屯驻洛阳，豫州刺史祖约退保寿阳。
十二月十五日，明帝拜谒元帝建平陵，举行两周年的大祥之礼。梁水太守爨亮、益州太守李襲占据兴古反叛，投降李雄。沈充故将顾..在武康谋反，攻掠焚烧城邑，被当地州县派兵讨平斩杀。
三年春二月戊辰，恢复灭三族的刑法，只是不涉及妇女。
三月，幽州刺史段末波死，以其弟段牙嗣位。初二，立皇子司马衍为皇太子，实行大赦，增文武官位二等，让天下百姓饮宴三日，鳏寡孤独者每人赐帛二匹。二十七日，征召处士临海人任旭、会稽人虞喜为博士。
夏四月，下诏说：“国家大事初定，应该改革维新，现令太宰司徒以下大臣，到议政厅参议政事，各方面的继承和改革，务求完全适中。”又下诏说：“接受正直之言，引拔贞亮之士，想来群贤是理解我这种胸怀的。我有违章背理的言行，你们就加以纠正，尧与舜是互为君臣的。我虽虚弱昏暗，然而还不会拒绝逆耳之言。稷契这样的重任，就由诸君担当了。希望与大家共勉。”初四，下冰雹。石勒部将石良侵犯兖州，刺史檀斌贝奋力迎战，阵亡。将军李矩等因军队溃散而回京都，石勒全部攻占司、兖、豫三州之地。
五月，以征南大将军陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史；王舒为安南将军、都督广州诸军事、广州刺史。
六月，石勒部将石季龙在新安攻击刘曜部将刘岳，攻陷新安城。以广州刺史王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，湘州刺史刘岂页为平越中郎将，都督广州诸军事、广州刺史。大旱，从正月到六月未下雨。
秋七月初七，以尚书令郗鉴为车骑将军、都督青兖二州诸军事、假节、镇守广陵，领军将军卞壶为尚书令。下诏说：“封赐前朝贤王的后代，是历代在位者所重视的；兴灭国，继绝世，是治国行道首先应该考虑的。宗室贤王在大晋受命之际有功勋者，开国功臣，大德名贤，与创业三祖共谋大事，并立国封土誓同山河者，今皆废绝，祭祀无人，使人甚为伤怀。主持此事者应详细议论那些应该立后嗣的人上报。”又下诏说：“在京郊祭祀天地，是帝王的大事。自晋中兴以来，只举行南郊祭礼，未曾祭北郊，古代四时五郊之祀都未曾恢复，五岳、四渎、名山、大川，在祀典中有记载应该按等级望祭者，都废弃而未曾举行。主持此事的人可以依照旧典详细提出处理意见。”
八月，下诏说：“昔日周武王灭商，封比干之墓；汉高祖过赵，录用乐毅之后，显耀以往的贤者，可以激励将来的人。孙吴时将相名贤的后代，有能继承先祖家训，忠孝仁义，修身养性，不为时人所知者，州郡中正官尽快报名单来，不要有遗漏。”
闰月，以尚书左仆射荀崧为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为尚书左仆射。十九日，明帝健康状况不佳，召太宰、西阳王司马..，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助太子。二十四日，下诏说：“自古至今人人有死，圣贤也不例外，寿命长短，仕途穷达，最后都归一死，死又何足痛惜呢！朕卧病已久，常忧虑会忽然而逝。念及祖宗大业，未能构建完备，大耻未雪，百姓涂炭，所以心中慷慨难平。去世之日，以时服入殓，遵守以前制度，务从简约，烦劳众人，崇尚虚饰的事都不要做。太子衍年幼体弱，负国家重任，当赖诸位忠臣贤士，训导使之成器。昔日周公匡辅成王，霍光拥育昭帝，大义载于前代典籍，功德为两朝之冠，这不是宗室大臣应行之道吗？诸位公卿，都是当今德高望重之人，应敬听遗命，肩负所托重任，同心协力，为王室谋划。各地征镇将领，刺史太守，都是捍卫皇家的长城，在外操持军务，虽事有内外之分，目标是一致的。所以没有在外从军的人，谁来保护百姓的平安生活！内外之职譬如唇齿相依，表里互用。应协力同心，如符契相合，思美中之美，以成就大事为目的。百官卿士，皆归总听于宰相，共同保护幼主，渡过艰难时刻，长令祖宗之灵，安宁于九天之上，则朕死后于黄泉下也无遗憾了。”
二十五日，明帝在东堂去世，终年二十七岁，葬在武平陵，庙号肃祖。明帝聪明敏捷能随机断事，尤其精通物理。在位期间兵乱连年，饥荒不断，死于饥荒战乱瘟疫者过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。明帝虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位短暂，对安定国家大局，影响是深远的。